Tenki no Ko bercerita tentang seorang anak laki-laki dan perempuan yang mengetahui bahwa takdirnya menjadi berantakan saat keseimbangan cuaca menjadi kacau. Hotaka Morisaki, siswa SMA yang kabur rumahnya dari sebuah pulau terpencil di Jepang, bertemu dengan seorang gadis bernama Hira Amano. Hira Amano adalah seorang gadis yang memiliki kekuatan misterius yang dapat membuat cuaca cerah hanya dengan “berdoa” di Tokyo