Setelah mendengar berita bahwa pulau-pulau di East Blue sedang dihancurkan, Monkey D. Luffy dan krunya pergi untuk menyelidiki. Namun, dalam perjalanan mereka, sebuah kapal bajak laut yang aneh muncul dari langit, dipimpin oleh bajak laut terkenal Shiki “Singa Emas” – seorang lelaki yang memakan fuwa fuwa no mi dan tahanan pertama yang melarikan diri dari Impel Down. Dalam upayanya untuk mengalahkan Pemerintah Dunia, Shiki menculik Nami menjadi navigatornya sendiri dan mengirim Bajak Laut Topi Jerami ke pulau-pulau terapungnya sebagai sandera, meninggalkannya dalam dilema. Terpisah di tanah di bawah kendali mutlak Shiki, Luffy dan krunya harus selamat dari medan yang membingungkan untuk mengembalikan navigator dan teman mereka.