Yuu dan temannya, Haru terlibat dalam insiden yang melibatkan teman masa kecilnya, Kotona, dan memaksa mereka bolak-balik di dunia lain, Ni no Kuni yang agak mirip dengan dunia nyata. Ketika hidup Kotona dalam bahaya, apa yang harus mereka lakukan untuk menyelamatkannya di Ni no Kuni ini?