Tiga tahun setelah perang dimulai, Mahito Maki kehilangan ibunya dalam kebakaran tragis di rumah sakit. Tak lama setelah itu, ayahnya menikahi Natsuko, adik perempuan ibu Mahito. Mereka membawa Mahito keluar dari Tokyo untuk mencari perlindungan di rumah keluarga almarhum ibunya di pedesaan. Di sana, Mahito terus-menerus diganggu oleh bangau abu-abu aneh, yang tampaknya tertarik padanya. Tidak mampu menerima kenyataan kehilangan ibunya dan berjuang untuk menyesuaikan diri dengan kehidupan baru di tempat yang asing, Mahito terkejut mengetahui bahwa Natsuko hamil. Yang lebih buruk, bangau yang mengganggunya itu bisa berbicara—dan mengklaim bahwa ibu Mahito masih hidup. Menariknya ke sebuah menara misterius di dekat kediaman, bangau itu mengatakan bahwa Mahito bisa menyelamatkan ibunya dari kematian, tetapi Mahito tidak mudah terbujuk. Namun, ketika Natsuko menghilang suatu hari, Mahito melihatnya berjalan ke dalam menara dan merasa terdorong untuk masuk dan menyelamatkannya. Dia segera menemukan dirinya jatuh ke dunia lain di bawah dunianya, di mana kehidupan dan kematian tampak saling terkait. Saat ia menavigasi melalui alam asing ini untuk menemukan Natsuko, Mahito harus memahami apa artinya hidup jika ia ingin kembali dengan selamat ke rumah.