Ketika Ruka masih kecil, dia melihat hantu di dalam air di akuarium tempat ayahnya bekerja. Sekarang dia merasa tertarik ke akuarium dan ke dua anak laki-laki misterius yang dia temui di sana, Umi dan Sora. Kedua anak ini dibesarkan oleh dugong dan mendengar suara panggilan aneh dari laut seperti Ruka.

Ayah ruka dan orang dewasa lain yang bekerja di akuarium hanya mengetahui sedikit tentang apa yang dialami para anak-anak ketika mereka terlibat di dalam misteri hilangnya ikan-ikan laut di seluruh dunia.