Zash Caine (ザッシュ・ケイン Zasshu Kein), Menteri Negara Kerajaan Stella dan pengguna sihir hitam, menyusup ke Kerajaan Fiore dan mencuri Dragon Cry, sebuah pedang mistik yang ditemukan di pemakaman naga di bawah ibu kota. Keluarga kerajaan Fiore mengirim Natsu Dragneel dan kelompoknya dari guild Fairy Tail untuk merebut kembali pedang tersebut, sembari menjelaskan bahwa pedang tersebut memiliki kekuatan magis yang mampu menghancurkan kerajaan. Kelompok Natsu melacak jejak Zash hingga ke Stella, yang penguasanya—Raja Animus (アニムス Animusu), bermaksud untuk menggunakan pedang tersebut untuk sebuah ritual. Saat menyentuh pedang tersebut, Natsu memicu alarm dan menarik perhatian Zash. Akhirnya, Fairy Tail dikalahkan oleh Zash dan satuan elit dari kerajaan, Three Stars – Swan (スワン Suwan), Doll (ドール Dōru), dan Gapri (ガプリ Gapuri) – yang menjebloskan mereka ke tahanan dan merebut kembali pedang tersebut.

Natsu lolos dari penjara udara dan membebaskan yang lainnya, menghentikan Zash yang mencoba menggunakan Lucy Heartfilia sebagai pengorbanan darah untuk sihirnya. Kelompok Natsu menghindari Zash dengan bantuan Sonya (ソーニャ Sōnya), ajudan Animus dan teman masa kecilnya, dan kaki tangan Zash yang enggan. Sonya memohon kepada Fairy Tail untuk membiarkan Dragon Cry tetap berada di Stella, menjelaskan bahwa ritual yang mereka lakukan dengan pedang tersebut bisa mencegah potensi bencana magis berupa kehancuran Kerajaan Stella. Namun, Natsu menolak permintaannya, merasakan bahwa pedang tersebut mengandung maksud jahat dari para naga yang dibunuh oleh Acnologia.

Kelompok Natsu kembali menyusup ke kota untuk mengambil alih pedang, dan berhasil mengalahkan Three Stars dalam prosesnya. Sonya meraih Dragon Cry, menyadari sifat sebenarnya dari pedang ini yang sebelumnya disebut Natsu, dan menolak memberikan pedang tersebut pada Animus. Natsu tiba dan melihat Sonya berbicara kepada dirinya sendiri, mengungkapkan bahwa ia dikuasai oleh raja. Animus mengungkapkan bahwa dirinya adalah seekor naga yang menyegel dirinya sendiri di dalam tubuh Sonya untuk menipu kematian, dan muncul dalam penglihatan Sonya sebagai sosok manusia untuk memanipulasinya. Karena tidak dapat melarikan diri dari tubuh Sonya, Animus melakukan ritual untuk membebaskan dirinya dengan menggunakan sihir dari pedang tersebut, tetapi hanya berhasil muncul dalam bentuk yang tidak sempurna setelah Zash mencuri pedang tersebut untuk dirinya sendiri. Zash menggunakan pedang tersebut untuk memanggil tentara buatan demi melawan Fairy Tail, dan kemudian mencoba menghancurkan Fiore dengan pedang trsebut, tetapi dirinya hancur oleh energi gaib dari pedang tersebut.

Dalam pertarungan mereka untuk merebut pedang, Animus menusuk Natsu di salah satu bagian tubuhnya dan akhirnya menyerap sihir dari pedang tersebut, mendapatkan kembali kekuatan penuhnya. Natsu bertahan dari cederanya dan dengan kejam menyerang Animus, setengah tubuhnya bertransformasi menjadi naga; Animus menyadari bahwa Natsu adalah E.N.D., iblis “perusak segalanya”, sebelum Natsu mengalahkannya. Ketika ia kembali normal, Natsu yang sangat terguncang oleh transformasi dirinya, dihibur oleh Lucy—mengatakan bahwa ia masih terlihat seperti dirinya sendiri. Sementara itu, Sonya menghancurkan Dragon Cry, yang meniadakan tentara dan menyebabkan tubuh Animus memudar. Pedang yang telah rusak tersebut beralih ke bentuk aslinya—sebuah pita, yang tertiup angin sepoi-sepoi.

Dalam adegan pasca-kredit, pita itu diambil oleh Acnologia dalam wujud manusia. Dalam kilas balik, Sonya kehilangan pitanya setelah terluka parah oleh geng Animus sekitar 400 tahun pada masa lalu, mendorong Acnologia untuk membunuh mereka sebagai pembalasan; Animus yang sekarat merasuki tubuh Sonya, memungkinkan mereka untuk bertahan hidup. Kembali ke masa sekarang, Acnologia dengan mudah menghancurkan pita tersebut saat Zeref mengamatinya dari kejauhan bersama Brandish μ dan Invel Yura, sembari menyatakan bahwa pertarungannya dengan Natsu akan segera dimulai.