Fullmetal Alchemist The Revenge of Scar mengisahkan Scar (Mackenyu Arata), seorang pembunuh dan buronan anti-Alkemis. Keluarga dan rakyatnya dari suku Ishval dibantai. Hal tersebut yang membuat Scar termotivasi untuk membalaskan dendam mereka yang terbunuh dan menjadikan para Alkemis sebagai targetnya. Ed (Ryosuke Yamada), sebagai karakter utamanya, juga menjadi salah satu target Scar dan keduanya bertarung melawan satu sama lain. Bagaimana kelanjutan kisahnya?