Anime ini mengambil cerita 14 tahun setelah Shaman Fight yang berakhir Hao menjadi Shaman King. Hana Asakura, anak dari Yoh Asakura, shaman legendaris yang bertarung hingga akhir dengan Hao yang tak lain adalah kakaknya sendiri. Hana tak memiliki kesempatan menjukkan bakatnya sebagai shaman dan hanya dipaksa hidup biasa, hingga suatu hari muncul dua orang yang mengaku berasal dari keluarga Asakura lain… Kisah shaman generasi baru dimulai!