Pubertas Syndrome — sindrom yang diisukan dan misterius yang hanya memengaruhi orang-orang di masa puber mereka. Sebagai contoh, seorang gadis kelinci tiba-tiba muncul di depan Sakuta Azusagawa. Identitas nyata gadis kelinci adalah Mai Sakurajima, seorang selebritas remaja yang saat ini adalah seorang siswa SMA yang tidak aktif. Untuk beberapa alasan, sosok menawannya tidak mencerminkan di mata orang lain. Dalam perjalanan mengungkap misteri di balik fenomena ini, Sakuta mulai mengeksplorasi perasaannya terhadap Mai. Terletak di sebuah kota di mana langit dan laut bersinar, Sakuta mengungkapkan makna di balik pertemuan anehnya pada wanita dengan sindrom tersebut.