Cerita dimulai dari Yggdrasil, sebuah game online populer yang melakukan penutupan gamenya. Namun, sang tokoh utama Momonga memutuskan untuk tidak log out.Momonga kemudian berubah menjadi sesosok skeleton “penyihir paling kuat.” Dunia terus berubah, dengan karakter non–pemain (NPC) yang mulai merasakan emosi. Tak memiliki orang tua, teman, atau tempat dalam masyarakat, anak muda biasa yang bernama Momonga ini kemudian berusaha untuk mengambil alih dunia permainan yang baru ini.