Arata Miyako adalah seorang pegawai negeri sipil yang baru ditugaskan di Kantor Distrik Shinjuku, Departemen Humas Regional Malam Hari. Tiap 23 distrik di Tokyo memiliki departemen semacamnya yang didirikan untuk menyelesaikan peristiwa paranormal dan hal – hal yang terkait dengan ilmu gaib. Arata ternyata dapat memahami ucapan makhluk gaib yang tentu saja tidak dipahami oleh orang lain, dan kemudian ia bertemu dengan salah satu youkai di taman Shinjuku Gyoen yang menyebutnya sebagai Abe no Seimei.