Tiga puluh tahun yang lalu, kemunculan mendadak makhluk asing invasif yang tidak dikenal nyaris menyebabkan kiamat.

Sejak saat itu, umat manusia dan makhluk-makhluk ini, yang dikenal sebagai Spesies Invasi, terus berseteru memperebutkan wilayah hidup. Meskipun keamanan manusia masih bisa dipertahankan, dunia tetap berada di ambang kehancuran. Di tengah ancaman kematian dan kehancuran yang terus mengintai, orang-orang menjalani kehidupan sehari-hari dengan mengabaikan bahaya yang selalu mengintai di sekitar mereka. Sebagai tanggapan, Perserikatan Bangsa-Bangsa mendirikan EXCEEDS, sebuah organisasi yang bertugas menyelidiki dan memerangi ancaman yang ditimbulkan oleh Spesies Invasi.

Cerita ini dimulai di negara kepulauan Mizuho di Timur Jauh, tempat Shiina Kuze, seorang pemburu muda yang membasmi Spesies Invasi, tinggal di sebuah pulau terpencil. Yang diinginkannya hanyalah kehidupan yang tenang bersama satu-satunya keluarganya—adik perempuannya, Setsuna—namun rutinitas Shiina terganggu ketika sebuah insiden tak terduga terjadi, yang menyeretnya ke dalam konflik yang jauh lebih besar.