Mengambil setting di kota baru bernama Kamihama dan banyak mahou shoujo yang datang ke sini karena mereka bisa hidup tanpa perlu menyamar. Mereka datang untuk menyerap kekuatan dari witch dan bertarung. Iroha Tamaki datang ke kota ini utuk mencari adiknya yang hilang bernama Ui. Bersama dengan mahou shoujo lainnya, Iroha pun mulai mencari petunjuk. Tidak lama kemudian, Homura Akemi yang berasal dari Mitakihara datang ke Kamihama. Homura merasa akan bisa menyelamatkan Madoka dengan mengungkapkan misteri di balik kota yang penuh misteri ini.