Gamera Rebirth mengisahkan petualangan tiga siswa sekolah dasar bernama Joe, Boko, dan Junichi pada 1989 saat mereka menikmati liburan musim panas. Saat itu, Brody, putra komandan militer Amerika Serikat, muncul di depan ketiga siswa tadi dan mencuri uang tabungan mereka. Disaputi amarah, ketiganya lantas merancang rencana untuk merebut kembali tabungan yang sudah susah payah dikumpulkan. Namun di tengah pelaksanaan, mereka malah dikejutkan dengan kedatangan kaiju bernama Gyaos yang mendadak menyerang Tokyo. Belum sempat pulih dari kehadiran Gyaos, ketiganya dikagetkan dengan kaiju lain bernama Gamera yang muncul entah dari mana. Momen tersebut menjadi awal mula musim panas kaiju di Jepang. Satu per satu monster raksasa menyerang, tetapi dengan gagah dilawan Gamera.