Chaldea merupakan organisasi kemanusiaan dan keamanan yang didirikan untuk mengamati dunia yang tidak dapat dilihat hanya dengan sihir atau sains. Mereka bekerja siang dan malam untuk menyelamatkan umat manusia yang dipastikan punah tahun 2017. Penyebab kepunahan manusia tiba-tiba muncul di berbagai tempat bersejarah di daerah yang tak dapat diamati “singularitas”. Kali ini, singularitas baru ditemukan di Mesopotamia kuno pada abad 2655 SM. Era dimana Raja dari Para Raja, Gilgamesh berkuasa di tanah Uruk. Ritsuka Fujimaru, satu-satunya master yang tersisa di Chaldea bersama dengan Demi-Servant, Mash Kyrielight pun segera memulai misi pencarian Cawan Suci.