Series Danganronpa kali ini adalah lanjutan setelah kejadian di seri Danganronpa the Animation.

Dalam sekejap mata, dunia dilanda kehancuran karena peristiwa “Tragedi Keputusasaan paling mengerikan sepanjang sejarah umat manusia”. Orang-orang dari “keputusasaan SMA yang luar biasa” melancarkan serangan ke penjuru dunia.

Dibentuklah sebuah organisasi khusus yang menjadi harapan terakhir yang bertujuan untuk menyelamatkan umat manusia. Organisasi tersebut bernama Future Foundation. Mereka merekrut orang-orang berbakat dari penjuru dunia dan bergerak di bawah kepemimpinan para lulusan Akademi Kibougamine untuk melawan para penebar keputusasaan.

Hingga kini pertempuran masih terjadi, dengan matinya sang dalang Enoshima Junko, alur pertempuran mulai berubah.

Seluruh petinggi saat ini berkumpul di pulau rahasia untuk melakukan sidang terhadap Makoto Naegi. Ia disinyalir sebagai pengkhianat karena telah menyembunyikan para penebar keputusasaan yang mengabdi kepada Enoshima Junko.

Tapi suatu kejadian mengerikan akhirnya kembali, disaat seluruh orang penting berkumpul, tiba-tiba saja Monokuma muncul kembali dihadapan mereka. Ia menuntut dimulainya game “Pembunuhan Terakhir” dan gamepun dimulai dengan adanya gelang yang terpasang di masing-masing tangan mereka.

Apa yang sebenarnya terjadi? apakah ada yang berkhianat diantara mereka? akankah harapan umat manusia berakhir disini?